Dal XIII fino al XVI secolo, la condizione degli ebrei passò dalla subordinazione all’esclusione e le cause furono:

1. il fanatismo popolare;

2. l’incremento del prestito anche da parte dei cristiani;

3. l’atteggiamento sempre più ostile della Chiesa;

Un grave peggioramento dei rapporti tra ebrei e cristiani si ebbe dopo le prime accuse di omicidio rituale, cioè l’assassinio di cristiani il cui sangue si diceva fosse usato dagli ebrei per riti immondi; le prime denunce si riferiscono a casi avvenuti in Inghilterra e in Francia e risalgono all’XII secolo.

Nel 1290 Edoardo I d’Inghilterra decretò l’espulsione degli ebrei dal regno e la confisca di tutti i loro beni, mentre quelli che risiedevano a Londra furono fatti annegare nel Tamigi.

Luigi IX, re di Francia, eseguendo la direttiva di papa Gregorio IX, fece sequestrare e bruciare il Talmud (1242) e Carlo II, a Napoli, decretò la conversione forzata di tutti gli ebrei.

La situazione ebraica stava peggiorando anche in Spagna, dove a Siviglia il vicario Ecija Ferran Martinez infiammò le folle per distruggere le sinagoghe e cacciare gli ebrei: ebbe così inizio un gigantesco pogrom, alimentato dal basso clero e deplorato dall’alto.

A partire dal 1411 le prediche di Vincent Ferrer ispirarono fenomeni di conversione tra le comunità e nel 1412 la Corona di Castiglia impose ai giudei limitazioni di residenza e segno distintivo.

In Spagna si era creata un’area di conversos di dubbia sincerità e per questo, sotto la spinta domenicana, Ferdinando d’Aragona e Isabella di Castiglia crearono l’Inquisizione spagnola, che aveva il compito di perseguitare i falsi cristiani (1478). Poco dopo fu creato il Consiglio della Suprema e Generale Inquisizione che fu uno dei cinque maggiori organi della monarchia.

I falsi cristiani venivano detti marranos (porco) e per estorcere le confessioni veniva usata la tortura; i processi si concludevano con gli autodafé (= atti di fede), durante i quali venivano lette le sentenze e i condannati messi al rogo.

Prima della metà del XVI secolo l’Inquisizione spagnola aveva messo al rogo circa 20.000 marranos e nel 1490 un conversos confessò di essere coinvolto nell’omicidio rituale di un bambino, che in realtà non era mai esistito e divenne noto come Santo Nino della Guardia.

Al 1492 risale l’espulsione che i re cattolici emanarono nei confronti di coloro che non avessero accettato di convertirsi e la massa degli esiliati fu di circa 150.000 persone: molti di questi andarono in Navarra, dove furono espulsi nel 1498, mentre un’altra parte andò in Portogallo, dove l’espulsione avvenne nel 1496.

In realtà in Portogallo non fu effettiva poiché il re temeva di perdere la ricchezza e la competenza economica degli ebrei, ma quando nel 1536 fu introdotta l’Inquisizione anche in Portogallo, circa 20000 nuovi cristiani fuggirono dal paese.

L’espulsione decretata nei territori spagnoli coinvolse anche le svariate comunità presenti nel meridione d’Italia, in Sicilia ed in Sardegna.

La conversione non sottraeva comunque dalla persecuzione, poichè gli ebrei convertiti erano sempre circondati da un velo di sospetto.

In Spagna divenne decisivo poter provare la propria limpieza de sangre e solo Ignazio de Loyola, fondatore della Compagnia di Gesù, si oppose a questa linea di pensiero ma la Chiesa diede invece il proprio appoggio a tale pratica.

Anche in Germania e in Svizzera gli ebrei furono espulsi (non definitivamente), per accontentare le masse più povere; risale a questo periodo la leggenda dell’Ebreo Errante, costretto a viaggiare di paese in paese fino alla nuova venuta di Cristo, perché si era rifiutato di aiutarlo sul Calvario.

La riforma protestante peggiorò ulteriormente la condizione degli ebrei perchè Lutero sperava che questi si convertissero per contrastare il papato ma quando scrisse il trattato "Gesù ebreo di nascita", sebbene per alcuni anni la riforma abbia suscitato molte aspettative, la comunità non volle mai convertirsi.

Quando Lutero vide il rischio che fossero loro ad influenzare i cristiani alla conversione, mutò atteggiamento e nel 1536 istigò il proprio protettore, l’elettore di Sassonia, ad espellere gli ebrei dal proprio stato.

Nel 1542 Lutero pubblicò "Contro gli ebrei e le loro menzogne", col quale invitava i cristiani a bruciare il Talmùd, distruggere le sinagoghe ed espellere gli ebrei. In contrapposizione Carlo V rinnovò ed estese i diritti di cui godevano.

In Italia il XIV secolo fu ancora un secolo di espansione per gli ebrei: vi furono molte immigrazioni verso le regioni padane per fondarvi comunità ed in questa zona gli ebrei si specializzarono nel prestito e in seguito nell’artigianato e nel commercio.

Furono favoriti perché le autorità comunali incoraggiavano l’apertura dei banchi e solo nel XV secolo la situazione cambiò a causa della comparsa dei Monti di Pietà.

A Venezia i cristiani non potevano praticare il prestito dal 1254 e con la guerra di Chioggia del 1378-81 la Serenissima autorizzò chiunque al prestito, con interessi non superiori al 10%.

In queste circostanze vi fu un forte sviluppo della comunità ebraica veneziana e risale al 1494 la prima menzione ufficiale della comunità e nel 1509 la città lagunare offrì la propria protezione agli ebrei di Mestre. Le professioni esercitate dai singoli individui erano le più svariate: tra i giudei vi erano banchieri, medici, avvocati e commercianti che influenzavano ogni settore della vita economica.

Proprio a Venezia, su iniziativa di Daniel Bomberg, furono stampati la Bibbia rabbinica, il Talmud babilonese e quello di Gerusalemme; un’altra importante iniziativa della città fu l’istituzione del ghetto, che  consisteva in un’isola collegata alle altre da due ponti e chiusa da due cancelli: era molto importante per la comunità perché la difendeva dagli attacchi esterni. L’obbligo a risiedere nel ghetto risale al 1516 e a causa dell’eccessivo affollamento nel 1541 venne creato un altro ghetto.

Fondamentale fu il cambiamento della politica della Chiesa iniziato con Eugenio IV che estese a tutta l’Italia molte limitazioni riguardo al Talmud e al commercio (1442), limitazioni che gli ebrei potevano farsi revocare pagando una certa somma.

Sisto IV accolse gli ebrei perseguitati dall’Inquisizione spagnola e anche Alessandro VI, Giulio II, Leone X e Clemente VII ne favorirono l’insediamento a Roma.

Nel 1543 fu istituita la casa dei Catecumeni a Roma per accogliere ebrei e altri infedeli che intendevano convertirsi e nel 1555 venne fondato il ghetto romano, in un’area del quartiere di Sant’Angelo, recintato da un muro e con un portone che veniva chiuso durante la notte. All’interno poteva esserci una sola sinagoga, nessun immobile era di proprietà degli ebrei ed era proibito ogni genere di commercio.