La prima grammatica della lingua macedone fu pubblicata nel 1952, e nello stesso periodo venne ammessa la formazione di una Chiesa ortodossa macedone indipendente. Le autorità di Belgrado infatti, attraverso il riconoscimento del popolo macedone come gruppo etnico a sé, intendevano indebolire le rivendicazioni della Bulgaria sul territorio macedone. L'8 settembre 1991 si tenne in Macedonia un referendum per l'indipendenza, con il 74% dei voti a favore; così, nel gennaio del 1992 il paese dichiarò la propria piena indipendenza dall'ex-Iugoslavia. 

Per una volta Belgrado cooperò ordinando a tutte le forze federali presenti sul territorio di ritirarsi, e grazie alla separazione pacifica nessun collegamento stradale o ferroviario venne interrotto. Ciononostante nel 1993 fu inviato in Macedonia un contingente di circa un migliaio di truppe ONU, con il compito di sorvegliare il confine con la Iugoslavia, in particolare nella zona adiacente la turbolenta regione del Kosovo.

La Grecia si riservò di riconoscere ufficialmente il nuovo stato a condizione che quest'ultimo assumesse un diverso nome, con la motivazione che il nome Macedonia potesse implicare rivendicazioni territoriali sulla Grecia settentrionale. La preoccupazione della Grecia è che l'ufficializzazione di tale nome possa fornire alla Macedonia un'effettiva legittimazione ad annettersi i territori della Macedonia antica, oggi comprendenti una vasta porzione della Grecia. 

Le pressioni della diplomazia greca costrinsero la Macedonia ad assegnarsi l'assurdo titolo 'provvisorio' di Repubblica ex Iugoslava di Macedonia (Former Yugoslav Republic of Macedonia, abbreviato nell'acronimo FYROM) in cambio della sua ammissione alle Nazioni Unite, formalizzata nell'aprile del 1993. Dopo due anni di esitazioni, e nonostante le forti obiezioni della Grecia, nel dicembre 1993 sei stati membri dell'Unione Europea stabilirono relazioni diplomatiche con la FYROM, riconosciuta nel febbraio 1994 anche dagli Stati Uniti. A questo punto la Grecia dichiarò un embargo economico nei confronti della Macedonia e chiuse il porto di Salonicco ai suoi traffici commerciali. 

L'embargo fu revocato nel novembre 1995, dopo che la Macedonia ebbe sostituito la sua bandiera e accettato di entrare in trattative con la Grecia in merito alla questione del nome. All'indomani dei negoziati, il presidente macedone Kiro Gligorov fu quasi ucciso da un'autobomba. Da allora, a tutt'oggi non si è raggiunta una soluzione definitiva alla spinosa controversia. Nonostante la relativa stabilità della Macedonia dopo lo sfascio della Iugoslavia, forti tensioni si sono accese nel marzo 2001, quando i ribelli albanesi del sedicente Esercito di Liberazione Nazionale (UCK) si sono scontrati violentemente con le forze armate macedoni. L'UCK ha proclamato di combattere a favore dei diritti dei quattrocentomila albanesi che vivono nel paese, ma secondo il governo macedone gli estremisti sarebbero giunti solo di recente dal Kosovo, e con un disegno ben diverso: quello di raccogliere sostegno per una 'Grande Albania'. 

Sebbene la maggior parte dei combattimenti si sia concentrata nell'area settentrionale a ridosso del confine macedone con il Kosovo, si è temuto che le ostilità potessero estendersi alla vicina capitale, Skopje, e scatenare le tensioni etniche in tutto il territorio nazionale. Dopo sei mesi di scontri e di violenze, il 13 agosto 2001 è stata firmata la pace. L'UCK ha accettato di sciogliersi e disarmarsi, a patto che la popolazione albanese (che forma un terzo della popolazione del paese) potesse decidere in materia di lingua, polizia, istruzione e riconoscimento della religione islamica nella Costituzione, insieme alla separazione tra religioni e stato. 

L’invio di un contingente di 3500 uomini della NATO, nell’ambito della missione Essential harvest (Raccolto essenziale), per sorvegliare l’effettivo disarmo dei guerriglieri albanesi e il mantenimento della pace, ha reso possibili le elezioni politiche del settembre 2002, vinte dal socialdemocratico Branko Crvenkovski. Il nuovo governo, che è composto da una maggioranza mista macedone-albanese, ha avviato una decisiva battaglia contro il crimine e la corruzione, senza alcun tentativo di vendetta politica per far sì che la Macedonia sia una vera società civile. Dal 14 dicembre 2002 al 31 marzo 2003 si è svolta la missione della NATO in Macedonia, denominata Allied Harmony, che ha garantito la sicurezza nel paese, partecipando anche all'addestramento delle nuove forze armate macedoni. Da aprile in avanti la responsabilità della sicurezza e della difesa nell'area balcanica è passata nelle mani dell'Unione Europea. 

La NATO continua comunque a garantire una propria rappresentanza civile e militare nel paese. Con la firma della «Carta di partenariato dell'Adriatico», siglata dal segretario di stato americano Colin Powell a Tirana il 2 maggio 2003, si è concluso il negoziato tra Washington e le tre nazioni balcaniche rimaste escluse dall’allargamento della NATO, definito a Praga il 21 novembre 2002. La «Carta» accompagnerà Albania, Macedonia e Croazia verso l’ammissione a pieno titolo nell'Alleanza Atlantica. Mancano ancora all’appello Serbia, Bosnia e Montenegro ma gli USA hanno già espresso la loro disponibilità ad accoglierli nel partenariato. Attualmente sono proprio i paesi dell’Est quelli più solidali nell’appoggiare gli Stati Uniti nella lotta al terrorismo globale. Dopo la Romania, infatti, l’Albania ha sottoscritto un’intesa bilaterale che esenta il personale militare americano dalla nuova Corte Penale Internazionale.