Dopo undici anni di clandestinità, l'EZLN irrompe in sette città del Chiapas e dichiara guerra al Governo Messicano. È un esercito composto da alcune migliaia di ribelli male armati, indigeni Tzotziles, Tzeltales, Choles, Tojolabales e Mames. La guerra dura soltanto 12 giorni, ma vede momenti di duri scontri che hanno il loro apice nella battaglia di Ocosingo, nella quale muoiono decine di soldati e di indigeni. L'Esercito Federale dispiega immediatamente oltre 25.000 soldati e l'EZLN si trova ben presto costretto a ripiegare nella selva e sulle montagne. L'allora Presidente del Messico, il priista (cioè appartenente al Partito Rivoluzionario Istituzionale, inizialmente portatore di valori progressisti ma ben presto sclerotizzatosi in una gestione corrotta, burocratica e clientelare del potere) Salinas, dichiara alla nazione che non si tratta di una ribellione indigena e offre il "perdono" a tutti coloro che avrebbero deposto le armi. La risposta dell'EZLN è molto chiara: "Di che cosa dovrebbero perdonarci?". E aggiungono: "Siamo consapevoli che la guerra da noi dichiarata è una misura ultima ma giusta. I dittatori esercitano una guerra genocida non dichiarata contro i nostri popoli da molti anni".

Per iniziare i negoziati di pace L'EZLN pone alcune condizioni:

Il 12 gennaio 1994, a soli dodici giorni dal levantamiento, oltre centomila persone marciano su Città del Messico contro la guerra nel Chiapas e in favore del dialogo. Lo stesso giorno il Presidente Salinas ordina il cessate il fuoco. Da questo momento l'EZLN inizia a lanciare le sue battaglie attraverso i mezzi di comunicazione.

Dal 21 febbraio al 2 marzo 1994 hanno luogo i primi negoziati di pace tra il Governo del Messico e l'EZLN, noti come "Dialoghi della Cattedrale". Il Governo nomina Commissario per la pace nel Chiapas l'allora Ministro degli Esteri Manuel Camacho Solìs; gli altri interlocutori sono una delegazione di quattordici zapatisti, capeggiata dal subcomandante Marcos, mentre il ruolo di mediatore fra le parti è ricoperto dal vescovo di San Cristòbal, Samuel Ruiz Garcìa. Il Governo propone un accordo di 34 punti e l'EZLN decide di sottoporlo alle comunità indigene. Ma un fatto gravissimo, l'assassinio di un candidato alla Presidenza dello Stato del Chiapas, porta all’interruzione dei negoziati. Gli zapatisti dichiarano di non poter trattare con assassini e rifiutano la proposta governativa. Ma non si fermano qui: il 10 giugno l'EZLN rende nota la "Seconda dichiarazione della Selva Lacandona" con cui convoca la Convenzione Nazionale Democratica (CND) e, per la prima volta, cerca un dialogo diretto con la società civile. La convocazione ha un enorme successo, tanto che la Convenzione vede la partecipazione di circa settemila messicani, di centinaia di osservatori internazionali e di numerosi rappresentanti dei mezzi di comunicazione. I lavori della CND si svolgono dal 5 al 9 agosto del 1994 con l’obiettivo di creare un governo di transizione in Chiapas e un nuovo Congresso Costituente.

Situazione attuale

Il tradimento del Governo Fox ha avuto come prevedibile conseguenza il continuo peggioramento delle condizioni di vita delle popolazioni indigene messicane, non solo abbandonate a se stesse dalle Istituzioni, ma, cosa ancora più riprovevole, lentamente massacrate dall’acuirsi della cosiddetta "guerra a bassa intensità" o "guerra sporca", una modalità di repressione attuata dal Governo Federale che, pur non prevedendo lo scontro dichiarato e aperto di due eserciti contrapposti, mantiene una situazione di costante persecuzione attraverso i seguenti strumenti: